牙齦萎縮最常見到的就是因牙周病而導致的牙周萎縮，有些患者可能不常洗牙，刷牙也沒有刷好，造成有很多牙結石堆積在牙齒表面，當牙醫師把牙結石清掉之後，牙齦會從發炎恢復為健康的狀態，牙齦也會消腫，但在這個過程中就會有一些牙齦萎縮的情形產生。有些病人會認為如果不洗牙就不會造成牙齦萎縮，實際上如果已經產生牙結石而不洗牙，會使得牙齒的病況更惡化，因為牙結石吸附的細菌產生的毒素會造成牙床的骨頭吸收，導致牙肉就會跟著往下萎縮，一般而言牙齦的位置決定於骨頭的位置，牙肉會比骨頭的高度再高一些，如果底下都沒有齒槽骨，牙肉不會一直固定在應有的位置，一定會慢慢的萎縮。所以牙周病的患者最重要的，是牙結石要清除、（牙齒）要保養，這樣才能維持牙床的骨頭，骨頭與牙齦才不會一直萎縮。牙周病與牙齦萎縮不一定是相對的，牙周病要有一定程度破壞才可能造成牙齦萎縮，如果沒有牙周病而有牙齦萎縮，可能是因為一些外傷所造成的，可能是患者刷牙太用力而把牙齦刷壞，另外比較少見的像是咬合性的傷害、或是矯正的方向如果沒有控制好也可能造成牙齦的萎縮。