齒顎矯正治療在臨床上有其潛在的問題及治療的極限。幸好這些情形很少發生，不過對於接受治療的病人而言，對於可能發生的問題仍需充分了解，另外每位患者都有先天及後天之個別差異性，會對矯正之過程及結果有所影響，儘管事前已做好完善的診斷分析，仍會有某些因素是矯正醫師無法預知的。1.蛀牙與牙齒表面脫鈣：矯正的托架並不會造成蛀牙，但他們的確會卡住食物殘渣，進而增加蛀牙或表面脫鈣（白色斑點）的機會。大部分的病人都可以經由適當飲食良好刷牙習慣及定期檢查來預防這些問題的發生，您應該進食後馬上刷牙，注意使用的力道，多數病人力道太輕或方式錯誤一樣無法清潔牙齒，假如沒有牙刷時也應使用大量清水用力漱口才行，另外盡量避免含高糖碳水化合物飲料及正餐間點心。2.牙肉發炎及牙周病：您的托架可能會在某些位置接觸和擠壓牙齦，如果沒有刷乾淨的話，容易導致疼痛腫脹。因此請您特別注意加強口腔衛生以保持牙肉的健康，當您覺得您有這方面的疑慮時，請告知矯正醫師。牙周病會導致牙齦萎縮和漸漸喪失齒槽骨（支持牙齒的骨頭），有些人發生機會比其他人高，真正原因尚不明確，但以下危險因子必須加以考慮。包括不良的口腔衛生、牙菌斑及殘渣堆積在牙齒及牙齦周圍、不正確的刷牙和全身性疾病。假如不幸發生了牙周病，您的矯正醫師會建議將您轉介給牙周病專科醫師。假如情形無法控制時，矯正治療可能會暫時停止，等待牙周組織恢復健康後再開始。3.牙根尖變鈍(牙根吸收)：牙根吸收就是牙齒根尖部會有吸收的現象。這種情形不管是否矯正均可能會發生而且很難去預測在何種情形下容易發生，同樣地某些人容易發生但其他不會，但若治療時間延長，理所當然增加了發生這種現象的機會，因此您的配合就很重要，儘早完成就減少牙根收的機會。不過通常這種短化現象輕微且無臨床意義。亦即牙齒的功能不受影響，不過極少數病例會對牙齒的壽命或穩定性有不良的影響。4.牙齒失活：在極少的情形下，若牙齒先前有外傷或深層蛀牙而填補或是牙周病的牙齒，有可能在矯正過程中，使原本已受損的神經更惡化甚至失去活性牙齒因而變色變暗。這種情形就必須接受根管治療（俗稱抽神經），牙齒顏色可以用漂白來解決。5.牙齒黏連：牙齒與骨頭黏連而無法萌出時，會影響矯正時牙齒之移動。矯正過程中，有時會因為某顆牙齒與齒槽骨黏連，而無法移動，這種現象較常發生在相對恆齒缺失的位置。牙齒萌發是很複雜的過程，如遇上述現象，必須由矯正醫師作明確的診斷與評估，以確定此顆無法萌發的牙齒，是否可以順利牽引出來，或需另作其他處置。6.顳顎關節疼痛：有時候問題可能發生在顳顎關節和周圍的肌肉，導致開口有聲響疼痛或肌肉酸軟無力的情形發生。很多原因會導致這種情形發生。很多原因會導致這種情形發生。包括中央神經系統的毛病、不良的口腔習慣如夜間磨牙，咬舌癖或關節的毛病或受到外力強力撞擊等等。有些舊有觀念認為咬合異常是導致關節問題的原因。然而現今的研究並未確定這種因果關係，反而有學者認為異常咬合應該是結果而不是原因。因此，當您在矯正治療中感覺顳顎關節不適或不明原因之疼痛時，應儘快請教您的矯正醫師做進一步的診斷，以找出真正的病因，並做正確的治療。。7.骨骼異常生長：牙齒的異常形成或顎骨發育有異常的改變時，都會因超出矯正醫師所能控制的範圍而影響治療的結果有時矯正治療後會因上述因素而需要再接受一次矯正治療或需合併拔牙或手術的治療，而這可會再造成醫療費用的增加。8.治療時間延長：有時候，全部完成矯正的時間，可能會超出原先之預估。其原因很多如醫師指示的頭套、橡皮筋或活動裝置等之裝戴時間不夠、口腔衛生不佳、時常脫落矯正器、不準時回診等，都會延誤療程及影響最後結果。